Durante la época prehispánica, fue uno de los lugares conquistados por el cacique de La Huacana, Cupauaxantzi, para el imperio tarasco.
En tiempos de la colonia, 1798, Morelos fue párroco de esta localidad. Al inicio de la guerra de Independencia, la localidad sufrió la destrucción de la mayor parte de la población y comenzó su reedificación hasta 1820.
A principios de México independiente, conservaba la advocación de San Pedro, contaba con 1,289 habitantes y producía maíz, sandía y algunas crías de ganado.
Se elevó a categoría de municipio, el 31 de enero de 1930.
En el año de 1965, Churumuco quedó inundado por las aguas de la presa infiernillo, teniendo que ubicarse la población en otro lugar.